清洗用水的质量直接关系到清洗的结果好坏，但一直以来没有得到中空玻璃生产企业的足够重视。目前一些中空玻璃生产厂家采用自来水、井水或普通净水来清洗玻璃，这是不符合要求的。因为自来水、尤其是井水中含有大量的钙、镁、氯等离子，当这些离子附着在玻璃表面时，会影响丁基胶、二次密封胶与玻璃表面的粘结质量，从而影响中空玻璃的密封寿命，容易导致密封失败。普通的净水仅仅是过滤掉了水中的颗粒性杂质，不能去除水中的离子。
中空玻璃的清洗用水应该是经过带有去离子功能的水处理设备处理之后、电导小于10μs/cm的去离子水。如果是加工离线可钢化LOWE中空玻璃时，清洗用水的要求则更为严格。
清洗机水箱中的水要经常更换，以保持清洁。在换水时要将水箱中的沉积物清理干净，以防止水箱的供水泵将这些沉积物带到辊刷上。
中空玻璃的清洗用水严禁使用洗涤剂。
另外，从节约的角度考虑，对于中空玻璃的清洗用水的回用技术值得推广